Svojo profesionalno pot je začel kot dirigent asistent pri Slovenskem komornem zboru (Zbor Slovenske filharmonije) in med drugim sodeloval z mednarodno priznanimi zborovskimi dirigenti kot so Eric Ericson, Günther Theuring, Tõnu Kaljuste ipd.
Dirigiral in vodil je različne ansamble, sodeluje z zborom Slovenske filharmonije, orkestrom Slovenskih solistov, vodil je Obalni komorni in simfonični orkester, sodeloval z različnimi evropskimi in ameriškimi zbori. Predaval je na več evropskih univerzah in na Indiana University of Pennsylvania v ZDA.
Deluje tudi kot član različnih domačih in mednarodnih tekmovalnih žirij in predavatelj na nacionalnih in mednarodnih simpozijih. V svojem dolgoletnem umetniškem delovanju je krstno izvedel in bil pobudnik za nastanek vrste slovenskih zborovskih in vokalno-instrumentalnih del.
Kot solist igra z vodilnimi simfoničnimi in pihalnimi orkestri doma in v tujini (Francija, Hrvaška, Kitajska in ZDA) in je solo saksofonist Orkestra Slovenske filharmonije. Sodeluje v žirijah na domačih in mednarodnih tekmovanjih mladih glasbenikov (Bayreuth, Beograd, Graz, Krško, Limoges, Nichelino/Torino, Nova Gorica, Požarevac, Riga, Skopje, Szczecinek, Zagreb) ter vodi številne poletne šole in mojstrske razrede v Evropi, Hong Kongu in ZDA (Hic Faros, Hic Ars na Hvaru, Glasbeno poletje na gradu Podsreda, Alpe - Jadran - Donava v Krškem, Mednarodni simpozij saksofonistov v Hong Kongu, Mednarodna delavnica za pihala Szczecinek, OrkesterkamP Portorož, master-class na Amsterdamskem konservatoriju, glasbene delavnice na mnogih severnoameriških univerzah itd.).
Krstno je izvedel preko 50 skladb domačih in tujih avtorjev in sodeloval pri 20 diskografskih izdajah. Predsedoval je Glasbenemu društvu Saksofonija, ki je poleti 2006 gostilo 14. svetovni kongres saksofonistov, in Zvezi glasbene mladine Slovenije. Od leta 2004 je umetniški vodja Mednarodnih srečanj saksofonistov in Mednarodnega tekmovanja saksofonistov v Novi Gorici.
Dušan Bavdek je izredni profesor za kompozicijo in glasbeno teorijo ter prodekan za kakovost in mednarodno dejavnost na Akademiji za glasbo Univerze v Ljubljani.
Njegova dela so bila izvedena v okviru abonmajskih ciklov slovenskih orkestrov in zborov ter na koncertih v Evropi, Ameriki, Aziji in Avstraliji, kot ISCM World Music Days (Hong Kong, Sydney, Ljubljana), UNESCO International Composers' Tribune (Pariz), »Six Continents Project« (Amsterdam), »Ode to Europe« Varšavske komorne opere, na festivalu »100-let ÖKB« (Dunaj), »Leading European Composers« washingtonske Phillips Collection itn.
Vodil je več skladateljskih delavnic, predaval na vrsti glasbenih akademij (Universität Mozarteum, Liszt Academy, George Washington University, Iceland Academy of Arts, MA Zagreb, 'Jacopo Tomadini' Videm, 'Agostino Steffani' Castelfranco, 'Alfredo Casella' L'Aquila) in sodeloval v mednarodnih žirijah kompozicijskih natečajev in drugih tekmovanj v Sloveniji, Makedoniji, Belgiji, Veliki Britaniji, Avstriji, Italiji in na Hrvaškem.
Poleg ustvarjalnega in pedagoškega dela je v slovenskem in mednarodnem okolju deloval kot član upravnih odborov Evropskega skladateljskega foruma ECF, Evropskega skladateljskega združenja ECSA in Društva slovenskih skladateljev. Bil je predstojnik Oddelka za kompozicijo in glasbeno teorijo UL AG in predsednik Republiške maturitetne komisije za glasbo, še vedno pa je aktiven kot umetniški oblikovalec Mednarodne dejavnosti Društva slovenskih skladateljev in vodja Delovne skupine za ECCO (European Contemporary Composers' Orchestra) v okviru ECSA.